La commune s'est appelée: Vernueilg, Vergueill, Vernoliis en 1145. Verneuil-sur-Oise, Verneuil jusqu'en 1956.
Verneuil est une des plus anciennes maisons royales du Beauvaisis. Elle était au nombre des maisons royales sous Clotaire III. Pépin, maire du palais, y rendait la justice. Devenu roi, il y convoque les évêques des Gaules.
Le plus ancien document concernant Verneuil est un acte de 1104 par lequel Anselme de Creil donne à l'abbaye de Molesmes l'église de Verneuil et ce qui en dépend pour la création d'un prieuré.
Par lettres d'Henri IV, de juin 1600, Verneuil fut érigé en marquisat dont dépendaient les seigneuries de Mogneville, Monchy-st-Eloi, Villers-st-Paul. En juillet 1652, le marquisat est érigé en duché-pairie. Le duc de Verneuil, Henri de Bourbon, meurt en 1682 sans postérité; le titre de duché-paierie s'éteignit avec lui. La propriété passa au mains des Condé.
Pablo Picasso a séjourné quelques temps à Verneuil, à La Rue des Bois. Il y peindra quelques tableaux, dont une fermière au gabarit impressionnant, madame Putmann.