La commune s'est appelée: Fontaine-les-Corps-Nus et Fontaine-les-Cornus.
L'ancien palais commendataire d'une abbaye cistercienne fut établit en 1136 par Louis le Gros à la place d'un prieuré qu'avait fondé Renaud de Nelle. En 1378, Charles V y fit faire des travaux de réfections à ses frais.
Tout à côté, la chapelle de l'Abbé, de la fin du XIIIeme, imitée de la Sainte Chapelle de Paris où subsistent des fresques importantes attribuées au Primatice et commandées en 1547 par un abbé, le cardinal de Ferrare, fils d'Alphonste d'Este et de Lucrèce Borgia. La Tasse, poête, passa deux mois à chaalis en 1570.
En 1736, l'abbé comte de Clermont, entreprend la reconstruction de la demeure sur un plan grandiose, sur les plans de l'architecte Jean Aubert. Mais les fonds manquants ne permirent que la construction d'un bâtiment, le musée actuel, qui est l'aile nord du quadrilatère prévu.
Lors de la Révolution, en 1793, l'abbaye vendue comme bien national.
En 1850, Madame de Vatry achète l'abbaye. Elle reconstitue le domaine et l'agrandit du désert cher à Rousseau, et qui dépendait d'Ermenonville. Le domaine passa ensuite au baron Hainguerlot, héritier du neveu de Madame de Vatry, puis au prince J.Murat qui fit reconstituer les jardins et aménager les perspectives à la fin du XIXeme.
En 1902, le banquier Edouard André achète la propriété. Sa veuve, Madame Jacquemart-André en fit un musée riche d'oeuvres d'art qu'elle légua à sa mort en 1912 à l'institut de France.